Thomas Anderson (Keanu Reeves) führt, so glaubt er, ein ganz normales Leben. Als Computerexperte verdient er sein tägliches Brot in einer großen Firma. Hobbys? Hat er, ja, professionelles Hacking. In der Welt der Computer heißt er Neo. Er ist auf der Suche nach der einzigen Person, die ein Computerverbrecher suchen kann: Dem geheimnisvollen Morpheus (Lawrence Fishburne). Lange Zeit für ein Hirngespinst gehalten, soll er nun wieder in Aktion getreten sein. Und so fristet Neo sein Leben dahin, bis er eines Tages ein Handy geschickt bekommt, das prompt einen Anrufer durchstellt, der ihn vor ein paar Agenten warnt, die ihn festnehmen wollen. Der Fluchtweg, den der Mann scheinbar besser kennt als Neo selbst, endet als der ärmste über die Hausfassade des Wolkenkratzers balancieren muss.
Die Agenten führen ihn ab. In einer Verhörzelle wird ihm ein insektenartiger Cyborg eingepflanzt, was Neo erst für einen Traum hält. Wieder zu Hause, wird er von jemandem kontaktiert, in einer Bar mit einem Mädchen Kontakt aufzunehmen. Dieses stellt sich nicht vor, erzählt aber, Morpheus zu kennen. Da sich Neo diese Gelegenheit nicht entgehen lassen will, folgt er ihr. Nachdem die Wanze wieder entfernt wurde, treffen sie sich tatsächlich mit dem Oberhaupt der Computerpiraterie. Dieser erklärt Neo, dass die Realität eigentlich nur eine Illusion sei. Weiters stellt er ihn vor die Wahl, ob er einfach am nächsten morgen aufwachen will und den Rest seines Lebens in einer Traumwelt verbringen will, oder ob er sich der Wahrheit stellen will, und, wenn es sein müsse, sie auch bekämpfen wolle. Neo überlegt nicht lange und nimmt die Herausforderung an, was er schnell bereuen lernte. Nachdem er sich in einer turbulenten Suchaktion plötzlich in einem kokonartigen Glaskasten wiederfindet, zusammen mit Millionen anderer, wird er aus der "Kolonie" befreit und wacht in einem Raumschiff auf. Dort trifft er das Mädchen wieder, dass ihn zu Morpheus geführt hatte.
Ihr Name ist, wie ihm die anderen 5 Mitglieder der Crew sagen, Trinity. Um verstehen zu können, was passiert ist, wird Neo zu einer Probestunde in die Matrix eingeladen. Morpheus erklärt ihm das wahre Schicksal der Menschheit. Das Jahr 2199 sieht aus wie folgt: Die Erde ist eine karge Landschaft, durch einen langen Konflikt verwüstet. Als der Mensch angefangen hatte, die künstliche Intelligenz weiter zu entwickeln, übermannte sie diese, und die Maschinen führten Krieg gegen die Menschen. Da die Geräte aber allesamt mit Solarenergie betrieben worden waren, sahen die Entwickler der Roboter die einzige Möglichkeit der Vernichtung darin, die komplette Atmosphäre zu verdunkeln. Die Maschinen jedoch kämpften weiter um ihr überleben. Sie fanden schließlich eine andere Energiequelle: Ihre Schöpfer selbst. Der Mensch verwandelt seine aufgenommene Energie Großteils in elektronische Impulse und Körperwärme.
Diese machten sich die Maschinen zu nutze. Um der Bevölkerung der Erde die Situation zu verheimlichen, erschufen sie die Matrix, die von den automatischen Schutzprogrammen, Agenten, verteidigt wird. Die Welt, in der Neo noch vor kurzem gelebt hatte, war tatsächlich nur eine Illusion.
Nach einem umfassenden Trainingsprogramm ist Neos schwacher Körper wieder fähig, auch ohne die Hilfe der Matrix-Illusionen zu arbeiten. Und schon geht die erste Reise in die Matrix los, denn Neo soll von einer alten Dame, die ein Orakel zu sein scheint, untersucht werden. Angeblich ist Neo dazu auserwählt, die Menschheit von der Matrix zu befreien.
Auf dem Rückweg werden Sie von den Agenten in einem umprogrammierten Gebäude eingeschlossen, Morpheus wird von einem Agenten gefangen, nur Trinity, Neo und Sypher flüchten. Syhper geht frühzeitig aus der Matrix, doch als er wieder in der Realität ist, erschießt er Tank und Dozer, die beiden einzigen, die noch auf dem Schiff sind. Er tötet auch Switch und Apog, doch denn gelingt es Tank doch noch, Sypher zu erledigen. Die anderen gehen schließlich auch raus, und planen eine Befreiungsaktion. Die Agenten haben nämlich ein eindeutiges Ziel : Die Zugangscodes zum Hauptcomputer der einzigen noch von Menschen bevölkerten Stadt der realen Welt - Zion. Neo ist klar : Das muss verhindert werden.
Und so gehen er und Trinity mit mehr als nur einer schweren Waffe in die Matrix. Eine Bombendetonation, ca. 5000 Schuss Munition, 1 Helikopterabsturz und -zig Tote später ist Morpheus wieder in der Realität, und in einer U-Bahn-Station geht auch Trinity hinaus. Doch Neo wird von einem Agenten überrascht. Nach dem letzten Showdown liegt der Agent unter den Rädern einer Bahn, doch man kann die Kerle nicht töten ( es sind ja nur Programme), stellt er sich dem Ausgang wieder in den Weg. Doch jetzt ist sich Neo über seine Fähigkeiten im klaren, und selbst die Kugeln der Agenten können ihn nicht mehr töten. Neo ist fähig, jedes Detail der Matrix zu verändern, und das nutzt er aus, um den Menschen den wahren Sachverhalt zu zeigen!
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